Las enfermedades alérgicas y por hipersensibilidad se deben a reacciones inmunitarias exageradas o inapropiadas a antígenos extraños. Las reacciones inmunitarias inapropiadas incluyen aquellas que están mal dirigidas contra los componentes intrínsecos del cuerpo (auto), lo que ocasiona trastornos autoinmunitarios

Un trastorno autoinmunitario es una disfunción del sistema inmunitario del organismo, que provoca que éste ataque a sus propios tejidos.

Los trastornos por inmunodeficiencia están asociados o predisponen a los pacientes a diversas complicaciones, incluyendo infecciones, trastornos autoinmunitarios, y linfomas y otros tipos de cáncer. Las inmunodeficiencias primarias son genéticamente determinadas y pueden ser hereditarias; las inmunodeficiencias secundarias son adquiridas y mucho más frecuentes.

Todos los receptores de aloinjertos tienen riesgo de rechazo del injerto; el sistema inmunitario del receptor reconoce el injerto como extraño y trata de destruirlo. Los receptores de injertos que contienen células inmunitarias (sobre todo de médula ósea, intestino, hígado) corren el riesgo de desarrollar enfermedad de injerto contra huésped, en el que las células inmunitarias del donante atacan el tejido receptor. El riesgo de estas complicaciones se reduce al mínimo mediante el cribado pretrasplante y la terapia inmunosupresora durante y después del trasplante.